Początki cerkwi sięgają lat 20-tych dwudziestego wieku. Do wzniesienia tej budowli biskup berliński Eulogiusza oddelegował mnicha Aleksandra Awajewa. Między 1921, a 1923 rokiem powstała w Wojnowie Cerkiew Zaśnięcia Najświętszej Marii Panny, na wzór drewnianych cerkwi z okolic Tweru, skąd pochodził Awajew.

Aleksander Awajew założył także w latach 30-tych przy cerkwii żeńską wspólnotę monastyczną, której zadaniem była edukacja dzieci wyznania prawosławnego oraz niesienie nauk wśród zamieszkujących te tereny staroobrzędowców. Monaster żeński istniał do 1956 roku - kiedy to zmarł duchowny Awajew. Przez 40 lat parafia stała się całkowicie prawosławna. W 1995 został reaktywowany przez prawosławnego biskupa białostocko-gdańskiego Sawę. W tym czasie również gruntownie odremontowano świątynię i w 1996 roku dokonano jej rekonsekracji. W 1999 roku cerkiew otrzymała cząsteczki relikwii świętych Starców.

Staroobrzędowcy, starowierzy, starowiercy - odłam prawosławia, powstały w Rosji, w wyniku sprzeciwu wobec reform patriarchy Nikona w 1652 roku. Reformy Nikona były nieznaczne, zmierzały do zgodności rytów z greckimi księgami liturgicznymi. Czynienie znak krzyża trzema palcami, a nie dwoma, zmieniono pisownię imienia Jezus. Wprowadzono śpiew polifoniczny. Staroobrzędowcy traktowali te zmiany jako herezje, zwiastujące koniec świata i odrzucili je. Uznani za przestępców, poddani krwawym prześladowaniom ze strony władz carskich i cerkiewnych. Wyemigrowali w odległe zakątki imperium rosyjskiego i poza jego granice, docierając w końcu XVIII wieku m.in. na Suwalszczyznę i Mazury.

Filiponi, tworzący jedną z takich sekt prawosławnych staroobrzędowców - założoną przez Filipa Pustelnika, rozpoczęli osiedlanie w Prusach Wschodnich w latach 30-tych XIX wieku. Filiponi osiedlili się w Wojnowie, Onufryjewie, Ukcie, Zameczku, Iwanowie i Piaskach. 

Wojnowo - centrum starowierów - zostało założone przez Sidora Borysowa, który wykupił znaczną ilość ziem w okolicy. W 1831 r. przystąpił do zakładania wsi, Eckertsdorf - od nazwiska ówczesnego pruskiego nadleśniczego. Jednak założyciel wsi, na pamiątkę wioski, w której się urodził, zwał ją Wojnowem i taka nazwa funkcjonuje do dziś.